yakushijihideki Novogene は最近、PacBio の最新のハイスループット シーケンス システムである Revio を導入しました。 Revio は、優れた基本品質とともにスループットの点で優れたパフォーマンスを提供します。 この最先端のテクノロジーは、1 日あたり 360 Gb の HiFi 読み取りという歴史的に高いスループットを約束し、以前の Sequel II システムと比較して 15 倍の大幅な増加を実現します。 Novogene は、植物、動物、ヒトの DNADNAは 「deoxyribonucleic acid」の略で（デオキシリボ核酸）、2本のポリヌクレオチド鎖からなるポリマーで、互いに巻きついて二重らせんを形成しています。 More HiFi ライブラリーを使用して実行を検証しました。 結果は、このシステムが SMRT セルあたり最大 110.5 Gb の最大出力を生成できることを示しており、これは PacBio が公表している SMRT セルあたり 90 Gb の標準データ出力を超えています。 Revio システムの強化された機能により、Novogene は HiFi ロングリード シーケンシングおよび幅広いアプリケーション向けの直接メチル化検出に高スループットを追加できるようになります。
.Revio システムの SMRT セルあたりの HiFi 収量
SMRT セルあたりの平均データ出力は 98.4Gb で、Q値は 31.2 です。 さらに、このプラットフォームは、SMRT セルあたり 110.5 Gb の最大データ出力を実証しています。
1枚のSMRT Cellを用いてヒトゲノムシーケンスを行い、110.5Gb（平均Q値31.3）のデータが得られました。これを解析したところ、Human Whole Genomeへのマッピング率は99.91%で、全ゲノムの実に99.64%がカバーされました。またシーケンスデプスの平均値は38でした。カバレージ率はゲノムの94%以上のエリアで20倍を超えており、たった1枚のSMRT Cellでも十分に高精度かつゲノムワイドなロングリードシーケンスが可能であることが示されました。
| サンプル | HiFi 収量 (Gb) | 読み取り長(平均) (bp) | 読み取り長(N50) (bp) | 平均Q値 |
| ヒトサンプル 1 | 110.5 | 21,313 | 21,967 | 31.3 |
| 動物サンプル 1 | 98.3 | 16,305 | 16,486 | 31.1 |
| 植物サンプル 1 | 86.4 | 19,659 | 19,953 | 31.1 |
2.多重化ライブラリのテスト結果
3 つの動物サンプルと 3 つの植物サンプルからなる DNA 多重化ライブラリーは、それぞれ Revio システムで配列決定されます。 結果は、各動物サンプルが 30Gb 以上の HiFi 読み取りを生成し、データ逆多重化率が 99% 以上のレベルに達していることを示しています。
| サンプル | HiFi 総収量 (Gb) | データ分離率 (%) | シングルサンプル HiFi 収量 (Gb) | 読み取り長(平均) (bp) | 読み取り長(N50) (bp) |
| 動物1 | 102.3 | 99.56 | 32.0 | 20,634 | 20,558 |
| 動物2 | 34.2 | 19,523 | 19,464 | ||
| 動物3 | 35.7 | 19,074 | 18,988 | ||
| 工場1 | 84.6 | 99.76 | 30.0 | 17,157 | 17,002 |
| 第2工場 | 23.1 | 16,634 | 16,614 | ||
| プラント3 | 31.2 | 16,513 | 16,320 |
3.Sequel II システムと Revio で得られたシーケンスデータの比較
ヒトおよび植物の gDNA サンプルは HiFi ライブラリーの調製に使用され、それぞれ PacBio の Sequel II システムおよび Revio システムで配列決定され、性能の違いが評価されます。 結果は、Revio システムが Sequel II と比較して SMRT セルあたり 2 ～ 3 倍多くの HiFi データを生成できることを示しています。 さらに、Revio は平均データ品質 > Q30 を維持しながら、より短い実行時間でシーケンスを完了します。
| サンプル | システム | HiFi 収量 (Gb) | 読み取り長(平均) (bp) | 読み取り長さ(N50) (bp) | 実行時間 (h) | 平均品質値 |
| ヒトサンプル 1 | Sequel II | 38.4 | 20,420 | 20,345 | 30 | 31.0 |
| ヒトサンプル 1 | Revio | 110.5 | 21,313 | 21,967 | 24 | 31.3 |
| 植物サンプル 1 | Sequel II | 31.8 | 15,462 | 15,555 | 30 | 31.1 |
| 植物サンプル 1 | Revio | 84.6 | 18,799 | 19,338 | 24 | 31.1 |
4.Revioシステムによるヒト全ゲノム解読データ解析
ヒト全ゲノムのマッピング率は 99.91% で、ゲノム全体のカバー率は 99.64%、平均配列深度は 38 倍です。
| 種 | HiFi 収量 (Gb) | クリーンリード | マップされた読み取り | マッピング率 (%) | 1X カバレッジ率 (%) | 4X カバレッジ率 (%) | 10X カバレッジ率 (%) | 20X カバレッジ率 (%) | 平均深度 |
| ヒトサンプル | 110.5G | 5,555,691 | 5,550,504.00 | 99.91 | 99.64 | 99.26 | 98.67 | 94.37 | 38 |
図 1. (左): 構造変化の長さの統計。 (右): circos 図は、転座染色体が壊れ、断片化した断片が別の染色体に再結合する際のプロセス。 More、挿入突然変異の一種で、DNAセグメントに1つ以上のヌクレオチドが付加されます。 More、欠失DNA セグメントから 1 つ以上のヌクレオチドが失われる突然変異の一種。 More、逆位、コピー数の変動、ショートタンデムリピート、遺伝子、染色体などの変異生物のゲノムの核酸配列の変化。 More染色体分布の密度を示します。
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- キャンペーン提供条件：サンプルは、ヒト、動物、植物由来、あるいはメタゲノムシーケンス用であること。
- その他経費について：上記の他に、データ返却費用、データ解析費用（オプション）が生じます。サンプルの海外発送費用は本キャンペーンにつき無料です。
| サービス名 | 備考 | 特価（税別） |
|---|---|---|
| PacBio Revio 1 cell package | HiFi library and 1 SMRT cell （標準データ量90Gb。ライブラリー作成とシーケンスのお得なセット） | 業界最安値にコミット！ 応相談 |
| Pacbio Sequel IIe SMRT Cell | フローセルシーケンス （別途ライブラリ作成費用70,000円が必要です。） | 444,000円 |
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| サービス名 | 備考 | 特価（税別） |
|---|---|---|
| Iso seq 30Gb data/sample | 10サンプル以下 | 51,400円 |
| Iso seq 40Gb data/sample | 10サンプル以下 | 68,800円 |
| Iso seq 30Gb data/sample | 11サンプル以上 | 44,000円 |
| Iso seq 40Gb data/sample | 11サンプル以上 | 59,800円 |
※ 本記事は、NovogeneのNovogene’s Revio Data: Achieving Maximum 110Gb HiFi Reads per SMRT Cell!を元に編集したものです。